每当水蒸气与寒冷的内表面接触时，超低温冰箱上就会积霜。关闭内门会结霜，如果结霜甚至结冰，甚至结成外门，结霜也会阻塞。霜会在每个超低温冰箱中积聚，这仅仅是存在湿度时温度极低的表面的特性。
好的冷冻机中包括一些功能，可减少霜的积累。例如，爪式闩锁可将铰链压紧在垫圈上，或固定冷冻室内门。低功率光环旁路加热器可保持外门周围的垫圈清洁。通过内门和外门的隔热层来尽可能保持温度。
针对环境开发的大多数超低温冰箱的zui高环境空气温度为32°C，zui高湿度为80％。传统上，超低温冰箱使用风冷冷凝器，因此，如果环境温度很高，则会降低冷却效率。
切勿将超低温冰箱放置在没有足够通风的封闭区域，或暴露于直射阳光下的区域。如果将冷冻柜放置在封闭区域内的距离小于10厘米，则可能需要水冷冷凝器。
超低温冰箱的主要问题是制冷剂中积冰或积油。在1980年代中期，几乎所有的超低温冰箱都存在这个问题，因为石蜡基蜡基油在毛细管中趋于固化。但是，无蜡合成油消除了这个问题，但是其他原因仍然可以促进毛细管中冰的形成。
为了解决注油问题，在毛细管内使用加热器，以防止油变得过冷。为了清除积冰，从而减少因油浸引起的维护停机时间，可以让油流过系统外部的分离器。
